故事继承于仙剑奇侠传二。

孔璘和千叶伏诛后，魔族势力大减，再无力与人界相抗，遂天下太平。
李逍遥用九转还魂珠救活了林月如，而后不久便辞去蜀山掌门之位，与月如成亲。婚后一年，月如生下一子——李剑灵。

王小虎众望所归，被推选为武林盟主，不久与欺霜成亲并生有一女。然而，在他心中，是否仍旧挂念着那个苦命的、蛇狐混血的女子——苏媚呢？

李忆如，女娲后人，13岁时被李逍遥送往苗疆，拜阿奴为师，修炼法术。掐指一算，也该师满归来了。

八年之后，先有魔剑客搅乱江湖，后有锁妖塔神秘的颤动，而王小虎寻找八年却没有找到的苏媚，竟突然出现在小虎面前……谜一样的魔剑客、行踪诡秘的苏媚、突然出现在林家堡的妖魔……这一切，是否预示着一场浩劫的开始？同时，女娲族无尽的宿命，正不知不觉的降临在李忆如的身上……

十年，一个宿命的轮回……
主角简介：
李剑灵：李逍遥与林月如之子。顽皮好动，开朗随和，有着与年龄不相称的头脑与能力。最喜欢装大侠，最讨厌被人当作小孩子。
年龄：8岁(虚岁)
属性：雷
兵器：刀(？)
绝技：林家指法；御刀术(由御剑术改的，汗…… )
徐南松：昔日江湖第一冶炼师徐仲尹之子。为人稳重，极富 正义感。其父为魔剑客铸成魔剑后惨遭杀害。徐南松发誓要拜李逍遥为师，学成最强的武功，为父报仇！
年龄：19
属性：土
兵器：剑
绝技：蜀山剑术
李忆如：女娲后人，拥有天地至高灵力，能自由操控五灵法术而不为自身属性限制。也是被从小惯坏的大小姐，不过徐南松似乎并不吃这一套……
年龄：17
属性：火
兵器：杖
绝技：五灵法术、苗疆巫术
怜儿： 神秘的小女孩，背生双翅，喜食毒虫，能变化，不过只会变成石头……
年龄：8岁左右的样子
属性：水
兵器：弓
绝技：御蜂术，五毒归元
部分角色简介：
蜀山掌门：李逍遥的大弟子。本为孤儿，因指蜀为姓，号为 云飞。年轻有为的剑客。据说实力已经不逊于李逍遥。李逍遥辞去掌门之位后，众人一致推举他为掌门，带领蜀山斩妖除魔。
魔剑客 ：谜一样的人。性格残忍自大，爱剑成癖。恃手中魔剑胡作非为。
魑蛇 ：力量强大的妖魔，异常凶恶狡诈，是怜儿的克星 。
炎风 ：昔年魔尊手下第一战将，实力与威望远超孔璘。叛乱后不知所踪。
使魔族实力大减。
入门简明攻略：
小游戏。苏州城内酒馆(大道边上的那个)遇徐南松，城门遇王小虎，城内多出来两个妇女在谈论城外(西南角)奇遇。
(支线：见王小虎后可以进入阿明家，给阿明送信，奖赏糖葫芦，and可以无限拿——不是bug，是为了体贴玩家。)
城外树林：战斗，开宝箱打蜂王；回家见到徐南松拜师不果，练功房调查石头，见到怜儿，为她捉30只蜜蜂(战斗)。将蜜蜂给怜儿后，剧情出林家堡，到苏州客栈2楼找王小虎求情，徐南松终得拜师。
一天没见到怜儿，担心，去隐龙窟，路上遇徐南松(加入)，迷宫(隐龙窟)，终点调查大床，回家。
夜晚听到有人哭，见到怜儿(加入)，战斗对魑蛇(必败)，李逍遥来救。次日，沈欺霜来访，与王飞霞捉迷藏(找不到问沈欺霜)。
江宁：去酒馆，战斗对沈齐。次日去比武大会，魔剑客搅局，王小虎中计。 (支线：与房门口一老妇人对话3次，帮助她驱赶老鼠，在地窖左下角(2，3)格处发现赤血蚕，完成任务)
回林家堡，主角换成徐南松，战斗对2个流氓；后遇到一刁蛮少女(李忆如)，战斗对火猴(胜负无所谓)，衣服被烧坏。换上一件衣服(装备)可以进入林家堡送信。