二十世纪初的日本太正时代，自明治维新以来的文明开化已进行了五十余年。　　随着西洋文化和日本传统文化的交汇融合，帝都·东京逐渐成为现代化建筑鳞次栉比，蒸汽铁道、地下铁道纵横交错，马车、人力车、蒸汽车川流不息的繁华都市。然而，这也是一座有着怪物和咒术等非现实存在的魔幻都市。　　为了对抗从地底出现的强大魔物“降魔”，陆军成立了由将校中的灵能者组成的特殊部队——对降魔部队，成员即“二刀二剑”的4位继承者：米田一基，持有“神刀·灭却”；山崎真之介，持有“光刀·无形”；藤枝菖蒲，持有“神剑·白羽鸟”；真宫寺一马，持有“灵剑·荒鹰”。四人仅凭自己的血肉之躯和手中的神剑与魔物作战，史称“降魔战争”。激战的结果，陷入绝境的对降魔部队被迫使出最后的手段——利用“魔神器”发动“破邪之血”。魔神器即日本上古时代流传下来的三种祭器：剑、珠、玉，可以成为魔力的增幅器。继承真宫寺家“破邪之血”的一马，以自己的生命为代价用魔神器将降魔们封印，而山崎真之介也在此战中失踪…… 　　太正十一年，以妖僧天海为首的邪恶组织“黑之巢会”蠢蠢欲动。仇视近代文明的天海为了复辟德川幕府的统治，率领手下的死天王葵叉丹、弥勒、修罗、罗刹，操纵着利用古代咒法生出的魔物——魔操机兵在帝都展开了破坏活动。为了对抗这新的威胁、守护帝都和民众，在花小路伯爵的大力支持下，新的政府直属对降魔组织——帝国华击团（简称“帝击”）·花组成立了。在米田一基、藤枝菖蒲的领导下，花组集结了6名具备高灵力的少女：真宫寺一马的女儿、灵剑·荒鹰的继承者真宫寺樱；神崎财阀总帅忠义的孙女、精通神崎风尘流长刀术的神崎堇；俄国革命的勇士、曾有“食火鸟”之称的玛丽亚·橘；自幼就因超常的灵力被与世隔绝、年仅10岁的法国贵族千金爱丽丝；在辛亥革命的战乱中失去亲人、精通机械的中国少女李红兰；以及桐岛流空手的正统传人、身高近2米的桐岛神奈。同时，基于山崎真之介留下的设计，由神崎重工完成了对降魔用灵子甲胄“光武”。以银座大帝国剧场为基地、平日以歌剧团面目出现来掩人耳目的花组，在魔物出现时就会变为守护帝都的战士，驾驶光武与敌人作战。　　太正十二年春，苦于战力及协作性不足的花组来了一位新队长——海军少尉大神一郎，初代《樱花大战》的故事也就从这里开始了。在大神的领导下，花组成为了一个精诚团结的集体，顺利的达到了妄图以发动“六破星降魔阵”来毁灭帝都的天海，在一片祥和的气氛中迎来了太正十三年的元旦。但是，率领着黄昏三骑士的叉丹再次出现，并召唤出了被封印的降魔。藤枝菖蒲体内的最强降魔——杀女也于赤月之夜苏醒，并盗走了保存于大帝国剧场地下的魔神器。得到魔神器的叉丹召唤出了幻魔城，妄图以灵子炮毁灭人类。面对空前的威胁，米田发动了最后的王牌——空中战舰三笠，打开了幻魔城的大门。突入幻魔城的花组在经过激战之后终于打倒了叉丹及其真身魔王撒旦，拯救了人类，而真身为天使长米迦勒的菖蒲也含笑升天了。恢复和平后，花组随即专心从事歌剧团的演出活动，以带给重建帝都的人们以勇气和希望。大神则回到海军，赴南美参加演习去也……