纯属自嗨 靠结构预测做药 Lowe抨击AlphaFold 三十年资深药企人Derek 媒体夸大 (纯属自娱自乐下一句)
DeepMind近日公布了AlphaFold的最新进展：已预测出超过100万个物种的2.14亿个蛋白质结构，几乎涵盖了地球上所有已知蛋白质，再次刷新了我们对它的期待。
AlphaFold 2横空出世时的热烈场景重现，再次在国内外的社交媒体上引发热议。但作为“圈内人”的生命科学领域研究者们，对AlphaFold此次公布的成果却褒贬不一。
在此前《医健AI掘金志》发布的文章《预测2.14亿个蛋白质结构！AlphaFold 新成果再次引爆生命科学界，业内专家却褒贬不一》中，潘毅、周耀旗、许东等几位生物信息学领域的学者曾表示： AlphaFold蛋白质结构数据库此次更新的海量数据中存在着部分结果结构不稳定、不能应用于研究中等问题。
加拿大蒙特利尔大学MILA实验室唐建教授也向医健AI掘金志表示，AlphaFold预测出的蛋白质对药物研发的影响有限。
近期，美国一位制药行业的资深专家Derek Lowe博士发文，对外界尤其是媒体热捧的AlphaFold进行了一番吐槽。
Derek Lowe博士毕业于杜克大学，在大型制药公司工作了三十余年，从事治疗精神分裂症、阿尔茨海默氏症、糖尿病、骨质疏松症和其他疾病的药物发现项目。
上周，Derek Lowe在英国皇家化学学会(Royal Society of Chemistry）的网站上发布了一篇文章。
他旗帜鲜明地指出：AlphaFold不会带来药物研发领域的革新。
以下为Derek Lowe的文章，做了不改变原意的整理。
长期以来，蛋白质结构预测一直被认为是计算生物学中最困难的问题之一。
但是在过去的一两年中，AlphaFold在这方面的工作上取得了显著的进步，预测出绝大部分人体蛋白质的组织结构。
如果放在十年前，这样的成果就像科幻故事一样。
我并不想否认AlphaFold取得的成果，但是一些新闻报道错误地理解了AlphaFold这一成果的意义。
我们并没有在理解“蛋白质为什么会这样折叠”方面取得巨大飞跃。
蛋白质结构通常情况下以线圈、环或片状的形态存在，但为什么不继续深入其中进行研究？
如果只在目前的层面上进行研究，将无法发现许多隐秘的答案。
我们早就拥有成千上万的新蛋白质结构预测结果，绝大部分是正确的。而且，尽管有一些例外，它们似乎确实大部分是正确的。
AlphaFold的算法在面对无序的蛋白质区域时会无法正常工作，AlphaFold的整个计算技术都建立在寻找已知结构的类比上，在没有可比较结构的情况下，AlphaFold也无计可施。
一部分无序的蛋白质在各种蛋白质的影响下能够进行有序排列，但也有一部分蛋白质在任何条件下都从未出现过有序的结构。
当蛋白质无法形成有序结构的时候，就超出了AlphaFold的计算能力。
AlphaFold提供了其结构预测的置信度。深蓝色结构的置信度更高，而黄色和橙色结构的置信度较低
需要强调的是，通过AlphaFold，我们得到的是蛋白质结构的预测，而非真正的蛋白质结构。
AlphaFold是很实用的蛋白质预测方法，但通过X射线、核磁共振或冷冻电镜等方式获取蛋白质的实际数据，才是确定其准确性的唯一方法。
但由于构象的灵活性，即使是实际数据也无法完全代表其准确性。
这正是媒体报道中夸大AlphaFold蛋白质结构数据库对药物研发影响的地方。
在小分子配体的存在下，蛋白质结构会发生变化和滑动，有时细微有时剧烈，但AlphaFold还无法预测这些变化。
也许最终能够找到这些问题的算法解决方案，但到目前为止，还没有足够多能够与小分子配体结合蛋白结构。我们需要的数量非常多。
有大约20种不同的蛋白质侧链需要考虑，但小分子结构的数量如此巨大，相比之下几乎是无限的。
还有一点，听起来很刺耳（尽管这是真的）： 在药物研发的过程中，对蛋白质结构的了解，鲜少影响研发进度。
因为研究者们通常在使用纯蛋白或活细胞进行检测的基础上运行项目。检测数据则代表着化合物是否符合研究者的要求，以及是否随着新化合物制造而表现更好。
蛋白质的结构可能会对研究者们下一步制造什么化合物有所启发，但也可能没有任何帮助。
归根结底，来自真实生物系统的真实数字才是最重要的。
随着药物研发项目的进行，这些数字涵盖了药代动力学、新陈代谢和毒理学的检测，这些都无法真正从蛋白质结构水平上处理。
激流之后往往才是最终的瀑布。
新药在最后的临床环节失败，往往是因为我们选择了错误的靶点或其他难以预料的原因。
而蛋白质结构预测对减轻这两种风险都无济于事，这就是药物研发的临床失败率高达85%的原因。
蛋白质结构预测的确是一个非常棘手的问题，但药物研发中面临的风险明显难度更甚。
Derek Lowe这篇文章发布后，也引发了两派读者的讨论。
支持他的读者认为，在研究中的确应该考虑到柔性蛋白质的影响，因为构象状态的变化需要逐案理解。蛋白质-蛋白质和蛋白质-核酸相互作用对了解该系统也很重要。结构本身无法解决所有问题，在取代实验数据之前，人工智能还有一段路要走。
也有读者不同意Derek Lowe的观点，认为 “良好的结构预测将大大加快获取经验数据集的过程。”
一位读者表示，“基于结构的设计将是一个限制因素——在一个难以获得结构的环境中。在一个有 AlphaFold的世界中，情况不再如此。此外，可以再次运行AlphaFold，将一个小分子放入并重新折叠它周围的蛋白质。20年前，在我攻读博士学位期间，我们曾经使用sybyl 和autodock来做同样的事情——坦率地说，这些软件工具完全是废品。传统的药物设计就像盲人拄着拐杖一样颤颤巍巍，通过基于结构的设计，我们现在可以看到。它（AlphaFold）以前不是药物设计的重要组成部分，这一事实与未来如何发现新药无关。”
有读者认为，基于结构的药物设计活动大大有助于降低失败率。在AlphaFold缺乏实验结构的情况下与分子动力学模拟等其他计算方法相结合，远比传统方法要好得多。
不论国内还是国外，学者们对AlphaFold的评价均是褒贬不一，对其在药物研发中将产生的影响看法也不尽相同。
Derek Lowe的这篇文章，代表的是主流或者传统药企技术专家，面对新技术时一种“本能性”的抵触。
这种现象，和医学影像AI出现时，医生对AI的吐槽并无区别，本质上是两种专业背景的碰撞和对抗。但是，现在的放射科医生也逐渐接受了AI帮他们找肺结节。
得到这个问题的答案也很简单，从什么角度对AlphaFold所代表的深度学习技术进行价值评估？
AlphaFold能否为药物研发领域带来革新性的变化，你会站在哪一边？
预测2.14亿个蛋白质结构！AlphaFold 新成果再次引爆生命科学界，业内专家却褒贬不一
原创文章，未经授权禁止转载。详情见 转载须知 。
本文地址： /article/25d9f32962eb8729647a.html
根据企业单位实时返回查询所有备案信息（与官网一致），适用于对备案信息变化及时性要求高的用户，如备案监控等。
-文学-电子书网址
高顿教育CMA：提供CMA考试技巧,CMA考试心得,CMA经验交流分享,CMA考试方法等等信息介绍.高顿CMA专为CMA考生提供一流的教育培训服务.
重庆山之鹰金属制品有限责任公司咨询热线：18716364545,是重庆不锈钢加工和激光切割加工厂家,主营:不锈钢螺旋风管和护栏以及井盖和碳钢管道加工,不锈钢材料批发等。工厂专业加工,设备精良,成品品质保障,价格优惠。欢迎来电咨询。
上海德邦大件物流公司专业提供德邦长途搬家,德邦电动车托运,德邦钢琴搬运,同城搬家,出国搬家,回国搬家,国际快递,办公室搬迁,国际海运搬家电话:4006651956
公司是一家提供江门厂房装修、江门办公室装修的装修公司，有装修团队，良好的装修水平和雄厚的装修经验和实力，宗旨是以质量求生存！以信誉求发展！本公司多年从事装修工程，经验丰富，价格优惠，让您省心又省钱。
好美篇为您提供方案大全、心得体会、报告大全、事迹材料、工作总结等各类优质美文，每日更新，欢迎收藏！
天长市通冠无动力风机有限公司主营:气楼,通风气楼,弧型通风器,屋脊通风器,无动力通风器,自然通风器,无动力屋顶风机,屋顶通风器,流线型通风器,通风器,无动力风帽,无动力风球等.通冠有着一支技术精湛,服务非凡的团队，是集研发、生产、销售于一体的无动力风机生产厂家。
河南天浩药机设备有限公司制药设备行业的知名企业之一致力于制造生产中草药提取罐、提取浓缩机组、公司从事植物提取物的生产工艺和制造,中草药提取物,植物精油提取生产线……欢迎来电咨询
零零壹云计算提供专业的云服务器,云虚拟主机,香港VPS,独立服务器,IDC租用托管,面向全球客户提供基于云计算的IT解决方案与客户服务,是国内专业的云服务器,云虚拟主机,香港VPS,独立服务器,IDC租用托管,零零一云计算
电子应用网是面向电子应用和电子技术的行业网,为电子行业提供权威的解决方案，应用文章，行业咨讯，最新电子产品发布和交流的资讯平台
万师傅—全国家居售后服务平台，以用户体验为核心，为商家提供覆盖全国的安装、维修、配送等一站式售后服务，为家庭、个人用户提供就近到家的安装、维修、清洗、疏通等便民服务，囊括家具、家电、灯具、卫浴、智能锁、晾衣架、窗帘、墙纸地板、拆装搬运等担保交易，满足不同用户与商家的需求。
寒武纪元，泡沫后的百废待兴还记得，2019年，阿里迎来了第一个二十周年庆，马老师身着朋克装，眼含热泪，唱起了怒放的生命，二十个春去秋来，经过PC互联网向移动互联网变迁、行业与经济周期的交替，时代车轮的碾压下，有的企业默默耕耘，有的艰难前行，更多的则在周期中销声匿迹，即便是杰克马，也感慨互联网并非坦途，时间轴拨回1988，犹记得那年经济...。
万众期待的苹果iPhone13系列今天凌晨正式发布了，对于这次新品外界褒贬不一，虽然有消费者认为外观上还是同样的配方，但整体配置还是以正向评价为主，全新配色、高刷以及价格都成为，十三香，的，主力，卖点，而在苹果发布会结束后，荣耀CEO赵明第一时间发布了一条微博，表示苹果是，强大而令人尊重的对手！行业需要不断的创新和超越，作为科技企业，...。
今天我想要与大家分享的是深度神经网络的工作方式，以及深度神经与，传统，机器学习模型的不同之处，我的计划具体如下，正式设置一个机器学习问题为了有些趣味，让我们先设置一个问题，首先从数据开始，假设我们标记了数据，即是满足，分布的输入数据，比如图片，和标签，我们想要，训练，的是某些函数，↦，或者说是更普遍地估计条件分布，∣，我们的候选函数...。
腾讯报告有史以来最慢的收入增长，连续两季净利负增长，总裁刘炽平回应裁员传闻，对亏损业务进行成本优化3月23日消息，腾讯控股发布2021年度第四季度及全年财报，总体来看，2021年腾讯业务承压明显，财报显示，第四季度，腾讯总收入为1442亿元，同比增长8%，这是腾讯公司自2004年上市以来最慢的收入增长，另外四季度净利润248.8亿元，...。
11月30日，在2022腾讯全球数字生态大会智慧建筑与不动产专场上，腾讯云重磅推出三大智慧建筑与不动产行业解决方案，聚焦建筑建造、地产物业、城市与片区更新等三大地产子行业，为其提供数字化转型助力，同时，腾讯云还面向行业合作伙伴发布了，十亿计划，，与伙伴共建开放繁荣的建筑与不动产行业生态圈，腾讯云副总裁、智慧建筑与不动产行业负责人顾伟在...。
智能化正推动金融行业数字化转型稳步前进，9月8日，在2023腾讯全球数字生态大会金融云专场上，腾讯金融云分享了对金融行业数字化转型的最新洞察——业务发展对云架构及智能化产品的需求在提高，同时分享最新的场景化能力与行业实践案例，并与金融行业各界专家共同探讨了行业高质量发展的新机遇，腾讯云副总裁徐翊鸣在致辞中表示，，金融创新的大背景是数字...。
申明，1.以上内容仅代表揭发者自己，不代表黑猫揭发立场，2.未经授权，本平台案例制止任何转载，违者将被清查法律责任，3.黑猫揭发处置揭发不收取任何费用，凡以黑猫揭发名义不要钱的均为混充、诈骗行为，请及时报警并与黑猫官网反应，揭发邮箱heimaotousu@vip.sina.com，4.请大家选用官网渠道处置生产纠纷，不要轻信第三方机构...。
申明，1.以上内容仅代表揭发者自己，不代表黑猫揭发立场，2.未经授权，本平台案例制止任何转载，违者将被清查法律责任，3.黑猫揭发处置揭发不收取任何费用，凡以黑猫揭发名义不要钱的均为混充、诈骗行为，请及时报警并与黑猫官网反应，揭发邮箱heimaotousu@vip.sina.com，4.请大家选用官网渠道处置生产纠纷，不要轻信第三方机构...。
菲律宾关心中国航母意向，纯属一个笑话！文，海上客在昨天，7月10日，的外交部例行记者会上，有这么一番问答，路透社记者提问称，近日有报道称中国首艘国产航母山东舰现身南海，菲律宾政府对此示意关切，中方对此有何回应，林剑掌管外交部例行记者会图，外交部网站7月10日外交部记者会上有记者提问图，外交部网站掌管记者会的外交部发言人林剑回应称，我...。
VV视频社区是MVBOX公司大力推出的一款多人在线娱乐视频聊天软件，致力丰富网络娱乐生活，且让虚拟网络交流变得更加真实无障碍。
足协杯第五轮比赛：北京国安5比6不敌山东泰山,足协杯,山东泰山,点球大战,北京国安
友锋电子相册制作,友锋电子相册制作可以方便的将您的照片制作成电子相册，并可对电子相册设置密码，方便您收藏、管理大量相片。可以利用它轻松制作生成可独立运行的EXE格式相册程序,您可以免费下载。
友锋电子相册制作,友锋电子相册制作可以方便的将您的照片制作成电子相册，并可对电子相册设置密码，方便您收藏、管理大量相片。可以利用它轻松制作生成可独立运行的EXE格式相册程序,您可以免费下载。
DriverMagician(驱动程序备份软件),DriverMagician驱动程序备份软件是一个非常容易使用的驱动程序备份工具，使用这款DriverMagician中文版程序可以帮助你快速的将系统中的驱动程序备份，程序还可以备份我的文档、收藏夹、Outlook邮箱等。,您可以免费下载。
足协杯第五轮比赛：北京国安5比6不敌山东泰山,足协杯,山东泰山,点球大战,北京国安
国航回应飞机空中发出异响紧急备降
乱开玩笑，人力必备的搞笑彩虹屁朋友圈文案收藏(人力必备的47句搞笑彩虹屁朋友圈文案(Part1)1。我虽然笨拙，却给了你温柔和诗意，1.关于内卷的幽默段子开玩笑，你点评的功夫，王娟已经完成了半套卷子，有同事如此讨厌不敢直视的幽默文案1.1一大早就明目张胆地删了几个微信业务，不为别的，只为让他们感受一下创业成功的艰辛和曲折。1、那种很长很废话的幽默文案摘录(60句那种长篇大论的无厘头幽默文案[第一条]1。我发现我妈和我爸居然是同一天结婚的。我最后一次见你是最后一次。3.我在过去的60秒前失去了一分钟。不知道
